Spätestens seit dem 12. Jahrhundert besitzt Züntersbach eine eigene Kirche, deren Standort, inmitten des Friedhofs auf einem südlichen Sporn des Kirchbergs, durch die Jahrhunderte hindurch unverändert geblieben ist. Die Teilung der Herrschaft über das Dorf zu etwa gleichen Teilen zwischen den Grafen von Hanau und dem Hochstift Fulda führte seit der Reformation zu einer konfessionellen Spaltung Züntersbachs und dazu, dass die heutige evangelische Kirche über mehr als 300 Jahre von beiden Konfessionen zu Gottesdiensten benutzt wurde (Simultankirche).

Die heutige katholische Bonifatiuskirche, am südlichen Ausgang des Dorfes gelegen, verdankt sich maßgeblich der Initiative des ersten vor Ort residierenden Seelsorgers, Theodor Schäfer. Nach der endgültigen kirchlichen Abtrennung Züntersbachs von der Würzburger Pfarrei Brückenau und der Gründung einer eigenen Pfarrkuratie durch das Bistum Fulda am 01. November 1872 forcierte Schäfer im Verbund mit seinen Pfarrkindern den Bau einer eigenen katholischen Kirche in Züntersbach gegen die Ressentiments und Widerstände der kirchlichen Obrigkeit in Fulda und des preußischen Landesregiments in Kassel und Berlin. Aus eigenen Mitteln erwarb er 187  ein Grundstück und eine Hofstelle. Auf diesem Grundstück entstand nach jahrelangem Ringen und unter umfangreichen Eigenleistungen der Züntersbacher Katholiken die heutige Bonifatiuskirche im neugotischen Stil. Durch Einsegnung wurde sie nach nur wenigen Monaten Bauzeit am 14. November 1879 in Gebrauch genommen. Für einen ursprünglich geplanten Kirchturm und eine steinerne Gewölbedecke des Kirchenschiffes fehlten die finanziellen Mittel und mussten günstigere Lösungen gefunden werden.

Die Erhebung Züntersbachs zur Pfarrei erfolgte 31. März 1904 unter Bischof Adalbert Endert.

In den letzten Kriegstagen 1945 gingen die bunten Glasfenster der Kirche leider durch die Detonationswellen in unmittelbarer Nähe abgefeuerter amerikanischer Flakgeschütze zu Bruch und konnten aus Kostengründen nicht gleichwertig ersetzt werden.

Den größten kunsthistorischen Schatz der Bonifatiuskirche stellt die spätgotische Madonna eines unbekannten, wohl fränkischen, Meisters dar. Die Statue zierte schon die Simultankirche - und das

schon seit der Zeit vor der Glaubensspaltung – und verweist auf das ursprüngliche Patrozinium des Züntersbacher Gotteshauses am 08. September.